Алексей Ридигер родился 23 февраля 1929 года в городе Таллин, Эстония. Вырос в глубоко верующей семье. Его отец был священником, дальним потомком принявших православие немцев, происходил из старинной петербургской семьи, представители которой проходили славное поприще военной и государственной службы.
С детства и сам юноша мечтал стать священником. Он пережил войну в Таллине. Отец и сын посещали советских военнопленных в немецких лагерях, помогали угоняемым на работы в Германию.
Михаил Александрович обучался в училище правоведения, гимназию окончил в эмиграции в Эстонии. Мать Святейшего Патриарха — Елена Иосифовна Писарева, уроженка Ревеля (Таллина). В довоенной Европе жизнь русской эмиграции была малообеспеченной, но материальная скудость не мешала расцвету культурной жизни.
В детстве Алексей неоднократно посещал с родителями Валаамский монастырь. Свою роль в приобщении будущего Патриарха к церковному служению сыграл настоятель Коппельской Николаевской церкви в Таллине, в котором Михаил Ридигер служил диаконом, а юный Алексей — алтарником, — священник Александр Киселев.
Уже в раннем отрочестве, по его собственному свидетельству, у него появилось желание стать священником. В 1941 — 1944 годы был алтарником в храме, а также сопровождал своего отца во время посещений лагерей для перемещенных лиц, где находились тысячи советских граждан, перегоняемых в Германию на принудительные работы.
В 1947 году поступил в Ленинградскую духовную семинарию сразу в третий класс, а окончив ее в 1949, стал студентом Духовной академии в Ленинграде.
Ленинградским митрополитом Григорием 15 апреля 1950 года был рукоположен во диакона; 17 апреля1950 года — во пресвитера и определен настоятелем Богоявленского храма в эстонском городе Йыхви Таллинской епархии.
Будучи приходским клириком в шахтерском городе Йыхви, где первое время служил один, продолжал учебу в Ленинградской духовной академии, которую окончил в 1953 году, получив звание кандидата богословия за курсовое сочинение «Митрополит Московский Филарет (Дроздов) как догматист».
Был переведен в город Тарту 15 июля 1957 года, где служил настоятелем Успенского собора и благочинным Тартуского округа. Возведен в сан протоиерея 17 августа 1958 года; 30 марта 1959 года назначен благочинным объединенного Тарту-Вильяндиского благочиния Таллинской епархии.
После смерти матери в 1959 году принял решение принять монашество; 3 марта 1961 года в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры он был пострижен с именем Алексий — в честь другого святого: не Алексия, человека Божия, именем которого был наречен в крещении, а Алексия, митрополита Киевского, святителя Московского.
Состоялось определение Священного Синода 14 августа 1961 года: «Епископом Таллинским и Эстонским быть иеромонаху Алексию (Ридигеру), с поручением ему и временного управления Рижской епархией».
На Таллинской кафедре находился четверть века как епархиальный архиерей — до 1986 года: с 23 июня 1964 года — архиепископ, с 25 февраля 1968 года — митрополит; засим, по переводе в Ленинград, в течение еще шести лет продолжал управлять ею по совместительству до 1992 года, в том числе уже будучи Патриархом. Возведен в сан архиепископа 23 июня 1964 года.
Назначен Управляющим делами Московской Патриархии 22 декабря 1964 года и по должности — постоянным членом Священного Синода; с 7 мая 1965 года одновременно — председатель Учебного комитета. 25 февраля 1968 года возведен в сан митрополита.
В перестройку митрополит Алексий был избран народным депутатом СССР. Он голосовал за отмену монополии КПСС, за обнародование секретных протоколов Пакта Молотова–Риббентропа, призывал дать независимость странам Прибалтики.
Он не поддержал ГКЧП и призывал убрать мавзолей Ленина с Красной площади. При этом Алексий не был поклонником Запада и его ценностей. Это особенно проявится во время его патриаршества.
Патриарх Пимен скончался 3 мая 1990 года. На его место претендовал не только Алексий, но и митрополит Киевский Филарет. Проиграв на голосовании Поместного собора, тот вернулся на Украину и создал там раскольническую церковь, которую в 2018 году признал Константинополь.
Уже спустя один месяц состоялся Поместный Собор для избрания его преемника. 10 июня 1990 года состоялась интронизация (настолование) Алексия в московском Богоявленском соборе. Алексий II стал первым Московским патриархом, использующим при своем имени номер.
Алексий II был главой русской церкви 18 лет, в том числе и в сложные 1990-е годы. За свою скромность и подвижническую деятельность по восстановлению разрушенных большевиками святынь он пользовался уважением и любовью россиян. При нем в Москве восстановили главный храм русской церкви – Храм Христа Спасителя. Именно патриарх одобрил установку на его территории памятника царю-освободителю Александру II.
В 2007 году при Алексии произошло объединение РПЦ и РПЦЗ – зарубежной русской церкви, отколовшейся от Москвы после революции 1917 года.
5 декабря 2008 года 79-летний патриарх почил в своей резиденции.
9 декабря 2008 года проститься с патриархом в Храм Христа Спасителя пришли более 100 тыс. человек. Государственный траур не объявлялся.